Si nos referimos al origen de estas tierras, podemos decir que los indios Querandíes eran los primeros ocupantes y propietarios del lugar. A la llegada de los españoles a Argentina, los españoles combaten a los querandíes y luego toman sus tierras.
El 17 de mayo de 1775 la chacra es comprada por Martín José de Altolaguirre, como no tenían alambrado, envía a cercarla con paredones de tierra.
El 25 de octubre de 1808 las tierras donde hoy se encuentra la Ciudad de Villa Madero formaban parte de la Chacra llamada de los Tapiales, cuyo propietario Martín José de Altolaguirre vendió la chacra al señor Francisco Ramos Mejía.
La chacra era utilizada para realizar plantaciones y para la cría de ganado. Luego de su muerte y la de María Antonia Segurola, que era su esposa, los herederos (Magdalena, Marta, Matías y  Ezequiel, pidieron que la chacra se dividiera en cuatro lotes. Aproximadamente en 1860 se efectuó la división de dominio, a la heredera Marta que estaba casada con Francisco Bernabé Madero, le correspondió una fracción de tierra que consistía en 616 cuadras aproximadamente.
En la fecha 2 de julio de 1885 Madero realizó la subdivisión de las tierras, que quedaron en poder de sus hijos. Los cuales le dieron distintos fines a las tierras, algunas de ellas fueron vendidas.
Están ubicadas en una zona muy cercana al Matadero Municipal, por tal motivo alrededor de 1890 empezaron a asentarse otro tipo de habitantes de la actividad de la carne, para desarrolar la actividad se comenzaron a instalar hornos de ladrillo y fábricas de sebo. En 1906 se hizo una proyección de un ramal del ferrocarril General Belgrano que incluian varias estaciones.
En 1908 se inauguró en forma oficial la Estación Boulevard Circunvalación (Avenida General Paz), dicho nombre fué cambiado el 13 de noviembre de 1913 por el de Villa Madero. El nombre de esta ciudad fué para homenajear al primer propietario de las tierras.
El centro comercial que hasta la actualidad funciona y va creciendo se creó en el mismo sitio donde poblaron los primeros habitantes.
Existe una versión muy conocida que declara que en el año 1907, el Sr. Francisco Bernabé Madero funda la estación de Villa Madero con el nombre de Eduardo Madero, su sobrino, quien fuera el mentor del puerto de Buenos Aires, actualmente Puerto Madero y Barrio Madero en su honor.